Monitoring jakości wód prowadzony jest w ramach Państwowego Monitoringu Środowiska. W Polsce oznaczana jest jakość wód płynących, jezior i środowiska morskiego.

Środowisko wodne ściśle zależy od rozwoju cywilizacyjnego, wywiera on bowiem wpływ na jakość wód. Jak wynika z badań, ta jedynie w ¼ przypadków jest dobra dla rzek, pozostałe znajdują się w zdecydowanie gorszym stanie ekologicznym. W wielu miejscach wody płynące stanowią ujęcia wód pitnych, czy wykorzystywanych do nawadniania upraw, co zagraża jakości życia ludzi. W lepszym stanie jest środowisko morskie, najsłabsze odczyty dotyczą ujścia rzek i obszarów przybrzeżnych. Zanieczyszczenia są wynikiem działalności człowieka i zwiększają się w miejscach nasilonej produkcji ścieków, czy stosowania związków chemicznych. Stan i potencjał ekologiczny jezior pozostawia jednak wiele do życzenia, większość przebadanych zbiorników wykazała niższy niż dobry stan. Mimo to stan chemiczny klasyfikuje polskie jeziora na dobrym poziomie. Szczególnie groźne dla zdrowia człowieka są toksyny, będące skutkiem zakwitów sinicowych. Istotnym źródłem problemu jest wciąż dostawa zanieczyszczeń zarówno z obszarów o nieuregulowanej gospodarce ściekowej, terenów rolniczych, ale także w wyniku intensywnej presji turystycznej i rekreacyjnej.

Istotnym problemem jest niedobór wody w polskich glebach. Według Europejskiego Obserwatorium Suszy, w ostatnim okresie w Polsce, w wielu regionach, obserwuje się bardzo niskie uwilgotnienie gleb. Wyniki przeprowadzonych badań wskazują na występowanie suszy rolniczej, hydrologicznej, oraz deficytu wody w glebie. Prognozy przewidują wystąpienie suszy w wodach podziemnych, czyli niżówki hydrogeologicznej. Taka sytuacja prowadzić może do trudności w pozyskaniu wody z płytkich ujęć, szczególnie indywidualnych studni gospodarskich i ujęć komunalnych eksploatujących pierwszy poziom wodonośny. Stan suszy pogłębia stosunkowo ciepła zima, sprzyjająca parowaniu wody.