Żywność ekologiczna uznawana jest za zdrowszą od jej konwencjonalnych odpowiedników. Jej produkcja pozbawiona jest udziału chemicznych środków ochrony roślin i sztucznych nawozów. Aby zatem wytworzyć tą samą ilość żywności ekologicznej potrzeba jest więcej nakładów pracy, niż w przypadku zintensyfikowanej uprawy.

Rolnictwo ekologiczne, jak sama nazwa wskazuje, wspierać ma światowy ekosystem, a swoim oddziaływaniem nie powinno wpływać negatywne na środowisko. Jest to alternatywa bezsprzecznie lepsza od rolnictwa konwencjonalnego, jednak jego negatywne aspekty rzadko docierają do świadomości społecznej.

W uprawach ekologicznych możliwe jest wykorzystanie organicznych nawozów i środków ochrony roślin, co często jest przez rolników nadużywane. Znaczne obszary nawożone są odchodami zwierząt gospodarskich (obornikiem, gnojówką lub gnojowicą) i kompostem (odpadami części roślin i zwierząt). Problem pojawia się zwykle, gdy w okolicy pól znajdują się zbiorniki wodne, jeziora czy rzeki. Szkodliwe substancje zawarte w nawozach spływają do wód, zatruwając znaczne obszary fauny i flory wodnej.

Do ochrony roślin wykorzystywane są substancje pochodzenia naturalnego, jak mikroelementy i wyciągi z roślin, a poza nimi tzw. ekologiczne pestycydy, czyli substancje dopuszczone do stosowania w rolnictwie ekologicznym przez przepisy Unii Europejskiej. Te często nie są wcale mniej toksyczne niż ich sztuczne odpowiedniki. M.in. pyretyny, czyli środki owadobójcze pochodzenia roślinnego, w dużych dawkach mają udowodnione działanie rakotwórcze, mimo to preparat z ich dodatkiem dopuszczony jest do stosowania przez ekorolników.

Dużą toksyczność dla człowieka, organizmów wodnych oraz pszczół wykazują związki miedzi. Grzybobójcze substancje oparte na miedzi działają ponadto mało efektywnie, przez co należy zastosować większą dawkę preparatu. Mimo, że ich  sztuczne odpowiedniki działają łagodniej, to właśnie miedź polecana jest do stosowania w rolnictwie ekologicznym.

Rolnictwo najbardziej przyjazne środowisku nie oznacza wyłącznie rolnictwa ekologicznego, będzie to raczej takie prowadzenie gospodarstwa, w którym sztuczne środki wykorzystywane są z umiarem, a uprawa wspierana jest dodatkowo dobrymi, naturalnymi praktykami.